法律分析：当公司因犯罪行为被定罪后，员工的权益受到了侵害，但是如果犯罪证据被排除，员工的权益可能无法得到保障。在此情况下，员工可以寻求其他法律途径来维护自身权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国劳动法》第八十四条规定，用人单位有下列违法行为之一的，由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以按照下列情况分别处以罚款: (四)有其他严重违反法律、法规和规定的行为。
2.《中华人民共和国民法典》第一百五十二条规定，侵权人应当承担损害赔偿责任。
3.《中华人民共和国刑事诉讼法》第八十一条规定，排除非法证据的规定，非法证据是指在取证过程中，依法不得使用的证据。
因此，当公司犯罪证据被排除后，员工可以向劳动行政部门投诉，并寻求赔偿。同时，如果员工有证据证明公司犯罪行为，可以向司法机关举报并要求追究刑事责任。
